Создано flex приложение с серверной частью на java, по нему создана онтология. Дальнейший план действий таков:

1. Разобраться с ризонерами и автоматическим зменением онтологии
2. Добавить функционал ризонера
3. Добавить автоматическое изменение онтологии

Ссылки для прочтения:

http://protege.stanford.edu/plugins/owl/api/ReasonerAPIExamples.html

http://www.elbib.ru/index.phtml?page=elbib/rus/journal/2006/part3/KPF